Στο εξωτερικό υπέρυθρο υπάρχει κτητορική επιγραφή: «Αρχιερατεύοντος κυρ Ευγενίου επί επιτροπείας κυρ Ναούμ Εμμανουήλ τη συνδρομή των χριστιανών αωξε(=1865) Μαρτίου 1.». Και στο εσωτερικό του υπέρυθρου άλλη επιγραφή: «Ο ιερός ούτος Ναός του Προφήτη Ηλιού του Θεσβίτη επί της του κυρίου Ευγενίου Αρχιερατείας και της του κυρίου Ναούμ Εμμανουήλ Τόλιου επιτροπείας το έτος 1865. 
Ανακαίνισης 1880 επί της των αυταδέλφων Κωνσταντίνου και Ευαγγέλου Βαλαγιάννη επιτροπείας και Γεωργίου Φραντζέτζου και τη προθυμίω βοηθεία πάντων των συνδρομητών απί έτος 1880. Εζωγραφίσθη δια χειρός Δημητρίου Α.Μ. Πιτένη εκ Σαμαρίνας 27 Απριλίου 1888».
Όπως φαίνεται από τα επιγράμματα ο ναός κτίσθηκε το 1865 και καθιερώθηκε ως ναός του Προφήτου Ηλιού. Από το 1920 περίπου υπήρχε όμως κι άλλο εξωκλήσι τιμώμενο στον Προφήτη Ηλία και για διάκριση, μέχρι το 1925, η μία εκκλησία ονομαζόταν ψηλός Αη Λιας και η άλλη χαμηλός Αη Λιας. Η Εκκλησιαστική Επιτροπεία, κάτι αντίστοιχο με το σημερινό Μητροπολιτικό Συμβούλιο, με πράξη της τής 24ης Μαρτίου 1925, μετονομάζει τον Ιερό Ναό του κάτω Προφήτου Ηλιού σε Ιερό Ναό Μεταμορφώσεως του Σωτήρος. Ο λόγος που οδήγησε την επιτροπεία να προβεί στη μετονομασία, δεν αναπτύσσεται στο πρακτικό, αλλά είναι προφανής. Υπήρχαν δύο εκκλησίες στον Προφήτη Ηλία κι αν έπρεπε κάποια να μετονομασθεί δεν θα επιλέγονταν η επί της υψηλότερης κορυφής του βουνού. Εξάλλου, από το 1881 είχε αφιερωθεί στην εκκλησία από τον Παπακώτσιο Βαλαγιάννη δωρεάν η εικόνα της Μεταμορφώσεως και αυτό είναι το δεύτερο στοιχείο που συνηγόρησε για να μετονομασθεί σε εκκλησία της Μεταμορφώσεως. Έκτοτε είναι πλέον η εκκλησία της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος όμως παραμένει ακόμη γνωστή ως ο «χαμηλός Αη Λιας». Το πρώτο κωδωνοστάσιο κτίσθηκε το 1893, ωστόσο κατεδαφίστηκε διότι το κτίσμα ήταν ακατάλληλο. Το 1900 υποβλήθηκε παράκληση να εκδοθεί φιρμάνι(άδεια για ανοικοδόμηση κωδωνοστασίου) ύψους 10,5 και πλάτους 4,5 μέτρων. Η άδεια εκδόθηκε το 1901 και το 1904 κτίσθηκε το 
κωδωνοστάσιο το οποίο υπάρχει ως και σήμερα. Στην προμετωπίδα του κωδωνοστασίου υπάρχει το εξής επίγραμμα: «τη πεπνυμένη πρωτοβουλία της Α. Σεβασμιώτητος του Μητροπολίτου Σερβίων και Κοζάνης κυρίου Κωνστάντιου Ματαλόπουλου, τη δραστηρίω και φιλοκάλω συμπράξει των επιτρόπων του Ιερού Ναού του Προφήτου Ηλιού του Θεσβίτου κ. αδελφών Βαλαγιάννη Κωνσταντίνου και Ευαγγέλου, Ευαγγέλου Γκαγκή του και αρχιτεκτονήσαντος και Στεργίου Κ. Βαντσιούλη και τη πρόφρονι συνδρομή των ευσεβών χριστιανών: ιδρύθη εκ βάθρων το κωδωνοστάσιον τόδε εν έτει 1904 και μηνί Μαΐω 6.»
Τον Ιούλιο του 1997 φωτιά κατέστρεψε ολοκληρωτικά τον ιερό ναό, που κατάφερε ωστόσο να ξαναλειτουργήσει μετά τις απαραίτητες επιδιορθώσεις μέσα σε σύντομο χρονικό διάστημα.
Το εξωκλήσι διοικητικά ανήκει στον Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Νικολάου. Την διαχείρισή του από το 1958 
είχε ο ιερεύς Κωνσταντίνος Γαζής, από το 1980 ο πρωτοπρεσβύτερος του Οικουμενικού Θρόνου π. Δημήτριος Χαρισίου και από τον Φεβρουάριο του 2014 ο νυν εφημέριος του Ναού π. Νεκτάριος Μπίσκας ο οποίος είναι και πνευματικό τέκνο του πατρός Δημητρίου Χαρισίου. Ο εφημέριος εξυπηρετεί και το Ιερό εξωκλήσιο της Αγίας Άννης.
Ο Ναός πανηγυρίζει την 6η Αυγούστου, εορτή της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος όπου πλήθος ιερέων αλλά και πιστών προσέρχεται στις ακολουθίες, τις οποίες πάντα τιμά και κηρύττει τον Θείο Λόγο ο Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Σερβίων και Κοζάνης, κ. Παύλος.
Επίσης ο ναός πανηγυρίζει:
- Την 12η Δεκεμβρίου, εορτή του Αγίου Σπυρίδωνος, αφού στον ναό βρίσκεται μεγάλο εικονοστάσι προς τιμήν του Αγίου αλλά και φυλάσσεται απότμημα της ιεράς εμβάδος (παντόφλας) του. Επίσης κατά το παρελθόν στον Ναό της Μεταμορφώσεως πανηγύριζαν την ίδια ημέρα και τελούσαν Θεία Λειτουργία οι τσαγκάρηδες της πόλεως της Κοζάνης καθώς ο Άγιος Σπυρίδων ήταν ο προστάτης τους.
- Την 20η Μαρτίου, εορτή των Αγίων Αββάδων των εν τη Ιερά Μονή του Αγίου Σάββα αναιρεθέντων Αγίων καθώς στον Ναό φυλάσσεται λείψανο των Αγίων.
